在实施国库集中支付制度后,高校将预算资金统一纳入国库单一账户管理,强化了政府对高校资金支出的源头进行监督和控制,切实保证了资金的规范利用,对高校财务管理意义重大。本文对制度实施过程中预算编制和执行难度、财务管理系统与国库支付系统兼容性、制度相关工作参与度不高等影响因素进行分析,提出了国库集中支付制度下加强高校财务管理的对策和建议。